Ponyo en el acantilado narra la historia de amor y amistad entre un niño llamado Sosuke y una curiosa pececita roja con poderes mágicos llamada Ponyo. Cuando el niño la rescata de entre la basura del mar, Ponyo decide que quiere convertirse en humana y estar siempre al lado de Sosuke, a pesar del temor y la negativa de su padre, un hechicero del mar